尽管已知2002年和2003年的冠状病毒疫情,以及2012年中东呼吸综合征冠状病毒在中亚的传播,但至今仍未有有效的治疗方法问世。研发领域的资金支持和关注度不足,导致了令人失望的结果。当2019年12月新型SARS-CoV-2病毒引发疫情并迅速演变为全球大流行时,世界似乎对此准备不足。过往对SARS/MERS-CoV病毒家族的研究并未产出任何可快速推进至上市药物的先导化合物系列。
一场前所未有的生物技术竞赛正在进行,旨在设计针对COVID-19的疗法,并在可靠疫苗问世并广泛普及前控制危机。尽管大部分努力集中于药物重定位策略,但针对新型SARS-CoV-2病毒,全新药物研发对于实现足够的特异性和疗效至关重要。
为满足对强效抗COVID-19新型抗病毒药物的迫切需求,Enamine公司设计并预铺了针对SARS-CoV最有前景靶点的小分子化合物库,以支持快速交付。该化合物库集中体现了Enamine在设计合成抗病毒化合物方面的丰富经验。我们积极参与全球开放科学倡议“COVID Moonshot”项目,提供合成、ADME-Tox分析、药物化学及物流服务。
该冠状病毒化合物库包含7个子库,亦可单独采购。
https://enamine.net/compound-libraries/targeted-libraries/coronavirus-library

库设计
为设计我们的化合物文库,我们系统性地收集了所有最有前景的 SARS-CoV-2 蛋白靶点的现有结构信息。我们对这些蛋白质结构进行了详细分析,并建立了分子对接模型。这些对接模型通过短时间的分子动力学模拟进行了验证,并借助与已报道活性分子形成复合物的能力进行了确认。我们聚焦于以下5个靶点及非结构蛋白,据报道,它们对病毒传播至关重要,且为病毒复制所必需:
• SARS-CoV-2 主蛋白酶
• RNA 依赖性 RNA 聚合酶
• 木瓜样蛋白酶
• 血管紧张素转换酶 2 受体
• II 型跨膜丝氨酸蛋白酶
• 具有已报道三维结构的 SARS-CoV-2 非结构蛋白
对于半胱氨酸和丝氨酸蛋白酶,我们进行了共价对接研究,以筛选有前景的共价结合剂,从而延长抑制作用。筛选化合物数据库经过了初步过滤,仅保留了含有针对每种氨基酸具有选择性的特定"弹头"结构的化合物。
所有其他以靶点为导向的子化合物库均通过了严格的药物化学筛选标准,包括PAINS(泛活性化合物)和分子参数限制,以主要表征类先导化合物空间。从我们的化合物库中发现的苗头化合物,可便捷地利用类似物和结构扩展策略进行后续研究,从而最大化结构内的药物化学多样性。
对接结果的例子
分子性质
