ERK5（MAPK7）靶向化合物库

ERK5 (MAPK7) Kinase Targeted Library

蛋白激酶ERK5，也称为丝裂原活化蛋白激酶7（MAPK7），是一种新颖的药物靶点，可用于治疗多种病症特别是癌症，在其中发挥了促细胞增殖、存活、上皮间充质转化和血管生成等关键作用。为设计ERK5（MAPK7）激酶靶向库，使用了报告的4IC7和4B99 PDB条目作为对接的空间结构。超过900种化合物被选择并包含在ERK5（MAPK7）激酶靶向库中。

陶术生物的所有产品和服务仅用于科学研究，我们不为任何个人用途提供产品和服务。

产品编号： LF4700

规格
10 μL x 10 mM (in DMSO)
20 μL x 10 mM (in DMSO)
30 μL x 10 mM (in DMSO)
50 μL x 10 mM (in DMSO)
100 μL x 10 mM (in DMSO)
250 μL x 10 mM (in DMSO)

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技术资料

产品描述

产品描述:
为构建ERK5（MAPK7）激酶靶向化合物库，本研究采用已报道的4IC7和4B99PDB条目作为对接空间结构，使用薛定谔软件的Glide分子对接程序进行筛选。通过对两种对接模型（基于4IC7和4B99制备）的验证，发现4IC7结构能更准确地复现共结晶配体构象——配体ANP的晶体构象与最佳对接构象之间的均方根偏差值为0.6Å。随后从ChEMBL数据库中选取36个已知ERK5抑制剂（IC50<1µM）作为参考分子，用于对接程序的优化与验证。通过毒性筛选、不良基团过滤及PAINS过滤器对Life Chemicals库存化合物库进行筛选，基于通过过滤的化合物创建包含50,000个结构的多样性子集。
对接流程描述如下：
根据配体与结合位点特征确定了以下关键结合要素：配体中的嘌呤基团被识别为疏水（芳香族）特征；Met140、Asp200、Glu102、Gln146、Asp143、Arg98、Ala65、Lys84、Arg125、Asp138、Ser11等残基被确定为氢键作用位点；在默认参数下生成包含疏水性和活性残基信息的结合口袋静电图谱。随后采用从高通量（HTS）到标准精度（SP）的序贯对接筛选策略（图1）。
通过Gscore和Emodel评分函数对对接结果进行评估，筛选结果与已知ERK5抑制活性参考化合物的生物学数据高度吻合。最终预测约900个化合物对ERK5活性位点具有高结合亲和力（图2、3）。

图1. 筛选分子组中配体的结合构象示例。该配体与Asp143、Lys84及Arg125形成氢键，其连接苯环与ERK5疏水区域之间存在强疏水相互作用。

图2. 化合物F6200-2411在ERK5活性位点的结合构象。结合打分Gscore = -8.33；能量评估Emodel = -79.49。该分子与Lys84形成两个氢键，并通过水分子与Glu102形成氢键；同时与结合位点具有优异的形状互补性。

图3. 化合物F6230-0364通过分子对接获得的ERK5活性位点结合构象。结合自由能得分 = -8.22；最优构象能量 = -62.62。配体与Met140形成强氢键（键长=1.9Å），并通过水分子与Glu102形成氢键相互作用。
包装和储存:
- 可选用DMSO耐受的96/384孔板或2D 条形码编码管；
- 干粉蓝冰运输，DMSO溶液干冰运输；
- 排布：96孔板：1st & 12th 空白对照，384孔板：1st & 2nd & 23th & 24th空白对照。