GPCR靶向化合物库-基于受体

化合物筛选
为筛选验证所选的参考化合物集合包含来自ChEMBL数据库的已报道GPCR抑制剂。每个GPCR靶点（参见下方靶点列表）均采用薛定谔软件进行结构准备与优化，部分蛋白结构还通过GROMACS的分子动力学模拟进行了进一步处理。
研究采用Glide分子对接（薛rödinger）与Unity建模（SYBYL-X）方案对高通量筛选化合物库进行对接筛选（图1）。通过对参考化合物集合进行对接计算，可全面获取活性配体可能存在的构象信息及相互作用类型，从而为虚拟高通量筛选结果提供预期参照。
最终筛选出8,100余个具有预测GPCR拮抗活性的类药筛选化合物，这些化合物针对16个GPCR靶点。下表列出了计算机筛选中使用的GPCR靶点蛋白列表：

• Adenosine receptors A2A, A2B*, A3*
• GABA receptor subunit
• Chemokine receptors CXCR4, CCR5*
• Muscarinic acetylcholine receptor type
• Histamine receptors H1, H3*, H4*
• Sphingosine 1-phosphate receptor
• Opioid receptors delta (DOP), kappa (KOP), mu (MOP)
• Serotonine receptors (type 5HT1B)
• Dopamine D3 receptor

此外，基于药效团假设通过Phase配体筛选方法，从1500多个结构多样的小分子中精选出的化合物也被纳入该靶向筛选库：
• 腺苷A2a受体（A2AAR）
• 降钙素基因相关肽1型受体（CGRP）

腺苷A2a受体（A2AAR）
腺苷A2a受体（A2AAR）亦称ADORA2A，属于G蛋白偶联受体超家族。该受体是一种跨膜蛋白，存在于人体多种细胞类型的细胞膜中，参与调节多种生理功能，因此成为治疗帕金森病、癌症及心血管疾病等多种疾病的潜在靶点。
核心筛选参数：
• 筛选方法：Phase配体筛选
• 采用X射线数据：4EIY
• 应用过滤标准：PAINS（假阳性结构）、毒性、反应活性
• 精选化合物数量：875个

降钙素基因相关肽1型受体（CGRP）
降钙素基因相关肽1型受体（CGRP 1型受体）属于G蛋白偶联受体（GPCR）超家族。该受体由降钙素受体（CLR，B类GPCR）和受体活性修饰蛋白1型（RAMP1）共同构成。与受体活性修饰蛋白3型（RAMP3）结合时，CGRP 1型受体可形成肾上腺髓质素受体。CGRP是一种多次跨膜蛋白。研究表明，偏头痛发作时细胞内的CGRP水平会升高，因此该蛋白成为疼痛治疗的重要靶点。此外还发现，CGRP与RAMP1共同参与骨折后的骨形成过程，但在病理状态下（如骨转移癌病灶、愈合缓慢或难以愈合的骨折）常观察到CGRP过度表达，导致持续性慢性疼痛。

核心特征：
• 方法：相位配体筛选
• 使用的X射线数据：6ZIS
• 应用筛选规则：PAINS规则、毒性规则、反应活性规则
• 筛选化合物数量：693个

• 可选用DMSO耐受的96/384孔板或2D 条形码编码管；
• 干粉蓝冰运输，DMSO溶液干冰运输；
• 排布：96孔板：1st & 12th 空白对照，384孔板：1st & 2nd & 23th & 24th空白对照。