JAK/STAT通路调节剂库
该库旨在作为一种通用工具，用于搜索潜在的JAK-STAT通路调节剂。我们采用了基于蛋白质结构的分析和骨架跃迁方法，以构建最优化的计算机虚拟筛选模型。此外，还应用了基于配体的方法，通过引入与已知活性化合物拓扑结构类似或相似的化合物，以丰富该文库的内容。
由此产生的库可作为配体搜索的通用起点，无论具体针对哪个SH2结构域，都具有较高的初始命中发现概率。该文库已通过针对SRC SH2结构域的体外筛选验证，命中率达到3.5%。
https://enamine.net/compound-libraries/targeted-libraries/immuno-oncology-library/jak-stat-pathway-modulators
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- 规格
- 1 mg
- 100 μL x 10 mM (in DMSO)
- 250 μL x 10 mM (in DMSO)
技术资料
陶术生物化合物库目录 (78 MB) 
库化合物信息
Excel 
SDF - 产品描述:
库设计
分析了所有可用的SH2结构域结合位点结构，并基于其空间分子形状进行聚类。经过比对分析和聚类，筛选出构象差异最大的结构用于虚拟筛选。分子对接计算使用了Enamine MedChem经过筛选的现货化合物子集（约100万种化合物），并额外挑选了含有拟肽基序的化合物。
对包含在110种蛋白质中的120个SH2结构域进行了多序列比对。从蛋白质数据库（PDB）中提取了200多个蛋白质结构：包括66个基于核磁共振（NMR）的结构和153个来自X射线晶体学实验的结构。鉴于结合位点构象的变异可能显著影响其结合特性，所有文件被拆分为单个结构，最终共计1633个结构。
关键药效团相互作用点：pTyr结合口袋、结合位点中心的羰基氧原子、疏水亚口袋。
基于结合位点中心12 Å范围内的溶剂可及分子表面计算了基于形状的数值描述符。根据3D形状相似性对三维结构进行聚类。筛选出8个空间差异显著的结构用于分子对接。表1. 蛋白质三维结构聚类结果及用于分子对接的结构总结。Cluster No. Centroid structure (PDB id, chain, NMR model) Centroid structure: organism, gene, domain Structures in cluster 1 1o49, chain A Homo Sapiens SRC SH2 223 2 2fci, chain A, model 6 Bos Taurus PLCG1 SH2-2 48 3 2ge9, chain A, model 15 Homo Sapiens BTK SH2 72 4 3in7, chain A Homo Sapiens GRB2 SH2 183 5 2jyq, chain A, model 9 Homo Sapiens GRB2 SH2 114 6 2k7a, chain B, model 5 Mus Musculus ITK SH2 218 7 2kk6, chain A, model 14 Homo Sapiens FER SH2 149 8 1uus, chain A Dictyostelium Discoideum DSTA SH2 129 针对Stat3beta的虚拟筛选：
• 合作方：纽约医学院，Gyeong Baeg
化合物在尺寸上显著小于与该靶点相互作用的天然肽。因此，在构建化合物库时，我们尝试填充酪氨酸磷酸化结合位点附近所有可能的子口袋。蛋白的整个可利用表面被有条件地划分为5个模型，并在此基础上进行了对接后的分析。举例而言，前两个模型是：
STAT3 模型：配体结合位点示意图 - 包装和储存:
- 可选用DMSO耐受的96/384孔板或2D 条形码编码管；
- 干粉蓝冰运输，DMSO溶液干冰运输；
- 排布：96孔板：1st & 12th 空白对照，384孔板：1st & 2nd & 23th & 24th空白对照。
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