抗病毒化合物库LF

通过2D相似性筛选的抗病毒化合物库
这一抗病毒筛选化合物库是通过对参考集合中46,518个生物活性化合物（IC50、Ki等小于10 μM，抑制率> 25%）进行2D指纹相似性搜索设计的。这些化合物来自于不同病毒物种及其感兴趣的蛋白质的治疗相关病毒测定（从Binding、ChEBI、PubChem和ChEMBL数据库提取）。
随后，使用Tanimoto 80%相似性截断值在MDL公共键指纹上筛选了内部数据库中具有已知抗不同病毒物种和病毒靶点活性的分子的类似物。总共挑选出了超过15,400种独特的结构多样化化合物用于这一筛选集。

结合配基基础和结构基础方法的抗病毒化合物库
为了识别蛋白质-配体结合机制的关键特征，首先从RCSB Protein Data Bank收集了最有趣和广泛分布的抗病毒分子靶标的相关蛋白质晶体结构。然后从ChEMBLdb（v26）提取了抗病毒分子的参考集合。针对每个靶标具有最高报道抗病毒活性（IC50小于1-1.5 uM）的化合物进行了聚类。从每个组中挑选出的顶级化合物被对接到相应靶标的晶体结构中，以获得生物活性构象。对于没有解析结构的靶标，利用生成构象的刚性对齐和统计分析预测了抑制剂的生物活性构象。这些对齐结构进一步用于体外药效团建模。采用Glide对接和UNITY药效团搜索方法选择了最有前景的与抗病毒相关的化合物。
结合配基基础和结构基础方法用于设计这一抗病毒化合物库，提供了方法交叉验证和更高的准确度。结果，鉴定出了超过3,500种潜在的抗病毒药物。所有PAINs和活性化合物均通过内部药物化学过滤器在选择过程中被排除。

抗病毒靶向化合物库
基于结构虚拟筛选技术，利用Phase（受体-配体复合物）平台及我们专有的高通量筛选化合物库，开发了一套类药性化合物库。通过基于结构虚拟筛选的药效团假说相似性参数（PhaseScreenScore）对结果进行筛选后，所得化合物未作进一步过滤。不过，根据客户需求，该筛选集合可进行定制化调整——例如针对特定蛋白靶点进行扩展，或依据理化性质、生物活性、代谢特性、毒性等指标进行过滤。
本化合物库包含1,300种结构多样的分子，这些分子是通过针对抗病毒治疗相关靶点的结构虚拟筛选而筛选出的：
• 乙型肝炎病毒核心蛋白
• 甲型流感病毒PA内切酶
乙型肝炎病毒核心蛋白

全球约有3亿人患有慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染。每年大约有88.7万人死于由肝硬化和肝细胞癌（HCC）引发的并发症。肝细胞癌是所有癌症中发病率第六高的类型，而HBV是其主要致病因素之一。HBV的核心蛋白参与病毒生命周期的多个阶段，在HBV的复制与致病过程中发挥多种作用。为了寻找靶向HBV核心蛋白的化合物，我们使用了与一种新近发现的变构调节剂（Linvencorvir）复合的HBV核心蛋白PDB结构，该调节剂是一种治疗HBV的潜在药物。

关键特征：
• 方法：基于结构的虚拟筛选，使用Phase软件（受体-配体复合物）
• 使用的X射线数据：8I71
• 使用的筛选条件：无
• 筛选出的化合物数量：715种

甲型流感病毒PA内切酶
流感病毒每年导致65万人死亡。新出现的高致病性和耐药性流感毒株促使人们研发新型治疗药物。甲型流感病毒RNA聚合酶的内切酶活性可切割宿主mRNA。PA内切酶结构域在不同流感病毒亚型中高度保守，还能在mRNA合成的初始阶段抑制病毒增殖，这使其成为极具前景的广谱抗流感治疗靶点。我们筛选出一组对PA内切酶具有潜在作用的有效化合物，研究基于与抑制剂复合的PA内切酶结构开展——该抑制剂以HIV抑制剂（Retrovir）为原型开发，最初展现出中等程度的内切酶抑制活性。在研发过程中，研究者特别关注了保守残基并着力降低突变耐药性。
关键特征：
• 方法：基于结构的虚拟筛选（使用Phase软件分析受体-配体复合物）
• 所用X射线数据：6VIV
• 筛选条件：未设置过滤参数
• 筛选获得化合物数量：635种

• 可选用DMSO耐受的96/384孔板或2D 条形码编码管；
• 干粉蓝冰运输，DMSO溶液干冰运输；
• 排布：96孔板：1st & 12th 空白对照，384孔板：1st & 2nd & 23th & 24th空白对照。