病毒蛋白酶或3C蛋白酶是病毒半胱氨酸蛋白酶,在病毒复制中起着至关重要的作用。蛋白酶切割前体病毒多聚蛋白,产生功能性蛋白质和酶。病毒蛋白酶是治疗由普通感冒病毒引起的疾病的治疗剂的有吸引力的靶标。病毒蛋白酶-Cys蛋白酶折叠与胰蛋白酶样丝氨酸蛋白酶类似。活性位点三联体包含Cys147、His40和Glu71。